Tilquiapan es contracción del Tlilquliapan que significa: “En el agua de los quelites negros”. Se compone de Hiltic, “negro”, Quilitl, “quelite”, atl, “agua” y pan, “en”. San Miguel, en honor de San Miguel Arcángel, jefe de las milicias celestiales.

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Algunas opiniones de habitantes del lugar distan de este significado, puesto que le dan más importancia al significado: “lugar del barro negro”, esto coincide con el trabajo hecho por el historiador Martínez Gracida: Tlilzoquiapam, significa en mexicano “Río de Lodo Negro”.

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En lengua zapoteca los lugareños lo conocen como “Piedra Grande” (Cuihapa: pronunciación gutural un tanto difícil de escribir)

Pozo San Miguel